MT3.2betaで、アンチスパム機能が強化され、「日々増加する、コメント・スパムやトラックバック・スパムを軽減し、ブログの運用がより容易になります」とアナウンスされています。

Settingに、新しくFeedbackというTabができ、そのなかにJunkという設定欄があります。

英語×な僕にはよくは分からないのですが、Junk Comments, Junk Trackbackかどうかを判定し、Junkと判定されたものは一定日数をおいた後、自動的に削除されるようです。
詳しくは↓
Six Apart – ProNet – Movable Type 3.2’s Junk Folder