復旧方法がわからないので、結局、HDDの初期化からやり直し…。
とりあえずWindows2000を再インストールしてIESP1とSP4のパッチを当て、137G以上のHDDの領域を認識できるようにして、ウイルス対策ソフトを入れて、Windows Updateを全部完了。

ここまでで約3時間。まだアプリケーションは何もインストールされてない…。

ちなみに137G以上のHDDの領域を認識させるようにする方法は、こちら。
→Windows 2000 における ATAPI ディスク ドライブへの 48 ビット LBA サポート