Movable Type 3.0Beta2から正規の3.01D日本語版に入れ替えてみて、<table></table>内の改行がうまく処理されるようになりました。
Beta2では、「エントリーの内容（body）」の中でテーブルを書くとき、<table>と</table>の間で、</tr>や</td>などの後ろで改行すると、その度に<br />が生成されていました。そのため表示させると、画面上ではテーブルの前に巨大な空白（改行）が現われてしまい、それを回避しようとすれば、全部の要素を改行なしにべた書きしなければなりませんでした。
しかし、3.01D日本語版では、<table>と</table>の間で改行しても<br />が生成されなくなっています。おかげでべた書きしなくてもよくなり、表がずいぶんと書きやすくなりました。